Depois de ver fracassada a maior expedição em busca da Serra de Prata – e de contrair uma febre estranha (malária, provavelmente), Cabeza de Vaca voltou a Assunção. Antes de se recuperar, foi preso por um grupo de oficiais que, segundo seu secretário particular, estavam “revoltados com as proibições que lhes foram impostas, bem como pelo fato de ter sido despovoado o melhor e principal porto da província.”

No dia 25 de abril, eles foram à casa do governador e o prenderam, como descreve Pero Hernández:

(...) dez ou doze deles entraram no quarto onde o governador estava, muito mal de saúde, aos gritos de: Liberdade! Liberdade! Viva o Rei! Estavam entre eles o inspetor Alonso Cabrera, o contador Felipe de Cáceres, o tenente de tesoureiro Garci Venegas, um criado do governador chamado Pedro de Oñate, que estava dentro do quarto e abriu a porta para os outros entrarem, e ainda Diego de Acosta, um português que servia de intérprete, um tal de Solórzano, natural da Gran Canária, dom Francisco de Mendoza e Jaime Rasquín, que colocou uma balista com um arpão com ervas no peito do governador. Apesar do grave estado de saúde do governador e da alta febre que enfrentava, o aprisionaram gritando: Liberdade! Liberdade! Chamaram-no de tirano e mantiveram a balista em seu peito, dizendo estas e outras palavras: Aqui pagareis as injúrias e danos que nos tem feito. (...) Como estavam perto da casa de Garci Venegas, os que estavam com o governador o puxaram para dentro, enquanto os outros ficaram na porta dizendo que haviam sido enganados. Mas os que haviam aprisionado o governador disseram-lhes para que não afirmassem que não sabiam o que estava sendo feito e que tratassem de ajudá-los a manter o governador preso, pois se o soltassem ele mandaria cortar a cabeça de todos indistintamente. E que se o mantivessem preso poderiam repartir entre eles as fazendas, roupas e índias do governador. Logo alguns oficiais entraram onde o governador estava, que era uma peça muito pequena, e lhe colocaram algemas e guardas.

Os revoltosos prenderam oficiais leais a Cabeza de Vaca, arrombaram uma arca onde ele guardava documentos e instauraram o toque de recolher na cidade. Domingos Irala assumiu o poder e os principais postos burocráticos mudaram de mãos.

Cabeza de Vaca passaria onze meses na casa de Garci Venegas, transformada numa espécie de prisão. As condições eram precárias, informa Hernández:

(...) o governador estava mal, na cama, muito fraco, tendo ainda os pés algemados. O quarto em que estava era completamente escuro, tendo apenas uma vela à cabeceira para iluminá-lo. Era tão úmido que nascia vegetação em baixo da cama. Para cuidá-lo, buscaram, entre todos, aquele que mais detestava o governador. Acharam um tal de Hernando de Sosa, a quem o governador havia castigado porque dera uma bofetada e uma paulada em um índio principal. Colocaram-no como guarda no mesmo quarto em que estava o governador, mantendo a porta fechada a cadeado. Além disso, os oficiais ficaram em torno com suas armas à mão, juntamente com seus aliados, que eram uns 150. Todos tiravam seus mantimentos da fazenda do governador.

Mas o governador deposto tinha seus aliados – entre eles uma índia que lhe levava comida e preso no vão dos dedos dos pés sujos e recobertos de cera preta, alguns bilhetes. Desse modo, foram feitas algumas tentativas de libertar o prisioneiro – todas fracassadas.