Podemos dividir as acusações feitas a Cabeza de Vaca em três tipos:

A)    Acusações em torno de sua responsabilidade na degeneração das relações entre espanhóis e indígenas no Rio da Prata;
B)    Acusações relacionadas com a infidelidade de Cabeza de Vaca à Coroa e à Cristandade;
C)    Acuações relativas a problemas econômicos ou administrativos gerados por Cabeza de Vaca com os cristãos.

Das 34 acusações feitas a Cabeza de Vaca, cinco são inválidas: as de números 10, 23, 27, 28 e 31 (o documento utilizado para esta obra está incompleto e não foi possível estabelecer quais eram essas acusações), o que reduz o universo a 29 acusações assim divididas pelos três grandes grupos:

- Grupo A:
12 acusações (41,4%). Desse total, apenas uma tem comprovação de testemunhas.
São as seguintes acusações: 05, 06, 08, 11, 13, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 33.

- Grupo B:
6 acusações (20,7%). Delas, cinco têm comprovação de testemunhas. São as seguintes acusações: 07, 09, 26, 29, 30, 32.

- Grupo C:
11 acusações, (37,9 %). Dessas 11 acusações, 6 têm comprovação de testemunhas: 01, 02, 03, 04, 12, 14, 21, 22, 24, 25, 34.


Não comprovação por testemunhas de boa parte das acusações, especificamente as que tratam da inabilidade de Cabeza de Vaca no trato com os indígenas. Em nenhuma das probanzas contrárias ao governador foram feitas perguntas a respeito de guerras travadas com os povos da região, muito menos se afirma que esses povos eram especificamente hostis a Cabeza de Vaca. O único momento em que se fala de um princípio de conflito é numa acusação a respeito da ordem dada pelo governador a seus criados para irem à frente do resto da expedição, na viagem de Santa Catarina a Assunção, a fim de pegar mantimentos dos índios antes que os outros. É uma acusação que se encaixa mais no Grupo C, quanto à incompatibilidade das ordens de Cabeza de Vaca com a expectativa dos espanhóis de relações econômicas na região. Nessa acusação se afirma que houve um princípio de conflito com alguns indígenas, cujos bens eram tomados à força pelos funcionários de Cabeza de Vaca, que depois os vendiam aos outros espanhóis com lucro.
A respeito das relações com etnias e dessa degeneração só há uma contra-afirmação “arrancada.” Algumas testemunhas confirmam uma pergunta feita, dizendo que antes da chegada de Cabeza de Vaca as relações tanto com guaranis como com os agazes eram pacíficas. Contrastando isso com as acusações, temos a responsabilização de Cabeza de Vaca pela má situação em que viviam os espanhóis da região.
No que toca aos problemas econômicos e administrativos ocorridos em Assunção, as acusações parecem decorrer muito mais de opiniões diferentes a respeito de como deveria ser gerida a conquista do que exatamente atos ilegais por parte de Cabeza de Vaca, exceto a respeito dos saques realizados nas Canárias e em Cabo Verde. As acusações comprovadas por testemunhas podem ser interpretadas como resultado do esforço de Cabeza de Vaca para “racionalizar” as relações comerciais (proíbe o comércio irrestrito, tenta fazer com que todos recebam as provisões de uma fonte só, a “oficial”). Os motivos alegados (querer ter benefício próprio, tentar monopolizar os recursos, roubar bens para uso particular) não são mencionados por nenhuma testemunha e nem aparecem em nenhuma das perguntas da acusação nas probanzas. Numa das acusações que faz parte da de número 34 (“outras acusações”) podemos ver exatamente essa divergência de opiniões: ao mostrarem que CV tomava decisões que iam contra o que os seus inimigos queriam, chamam seu governo de despótico.
As acusações mais substanciais são mesmo as que estão no Grupo B (infidelidade à Coroa e à Cristandade); no entanto, também podem ser vistas como uma “forçada de barra” por parte dos acusadores. Os episódios das substituições do brasão real eram, de fato, acusações graves. Mas os atuais defensores de Álvar Núñez têm uma explicação lógica: Cabeza de Vaca tentava estabelecer sua nova autoridade de governo no local e era constantemente atrapalhado pelos seus inimigos, que usavam do símbolo da coroa para ir de encontro com o que o governador propunha. A saída por ele encontrada seria fazer os índios reconhecê-lo autonomamente, usando para isso o uso do brasão de sua família.
Procede também a acusação de que Cabeza de Vaca interpretava à sua maneira ou ignorava provisões reais, embasada no episódio da fuga dos frades (ele quer muito saber o que falam dele nas cartas e tenta de todas as maneiras recuperá-las, para que não usem nada contra ele). Vale ressaltar que as regras do jogo eram muitas vezes refeitas na América, mesmo sem a autorização da Coroa. Seja para beneficiar os poderosos locais, que se sentiam suficientemente distantes da corte para desprezar certas determinações, seja pelo fato de que muitas ordens eram incompatíveis com a realidade local (o que é confirmado pelo próprio Cabeza de Vaca, nas palavras saídas da boca de uma testemunha: “eu sei muito mais que o príncipe o que é melhor para esta região”).