No início, os negócios com o Novo Mundo eram de responsabilidade da Casa Contratação e do bispo de Burgos, Juan Rodríguez de Fonseca, um protegido da rainha Isabel, que recebeu de um contemporâneo a seguinte descrição:

Todos dicen em esa Corte que sois um muy macizo cristiano y um muy desabrido obispo. Tambén dicen que sois largo, prolijo, descuidado e indeterminado em los negócios que tenéis entre manos...

Quando Carlos V e seus flamengos chegaram, o bispo Fonseca teve de dividir o comando das Índias com homens de confiança do imperador, como Adriano de Utrech, o grão chanceler Jean Le Sauvage e Francisco de los Cobos. Em 1519, surgiu o Conselho das Índias, ainda como uma espécie de seção especial do Conselho de Castela, com um reduzido corpo funcional - secretário, oficial do secretário, porteiro e advogado. Nem sede possuía, pois os conselheiros costumavam acompanhar o imperador em suas viagens constantes.

Como uma autoridade autônoma e suprema no trato das questões relativas às Índias, o Consejo Real y Supremo de las Indias foi formalizado em 1524. Tinha presidente, quatro ou cinco conselheiros próprios, dois secretários, um promotor fiscal, um relator, um oficial de contas e um porteiro. Não era uma estrutura cara. A massa de salários correspondia a 1.050.000 maravedis por ano, ninharia perto do que o Conselho podia recuperar do devido à coroa. Registre-se que os conselheiros tinham, geralmente, outras fontes de renda. A intensa movimentação do imperador fez com que a casa do presidente fosse a sede do Conselho.

O bispo Fonseca não manteve seu poder: o primeiro presidente foi o confessor do imperador, geral dos dominicanos e bispo eleito de Osma, frei Garcia de Loaisa. O primeiro fiscal era o licenciado Francisco de Prado, que não deve ter tido muito trabalho, pois só estavam subordinadas ao Conselho a Casa da Contratação e a audiência de São Domingos. Em 1526, o cargo foi assumido por Francisco de Ceynos, que quatro anos mais tarde cedeu lugar a Juan de Villalobos.

Depois que o rei católico voltou ao governo em Castela, em 1508, d. Juan Rodriguez de Fonseca foi encarregado da direção dos assuntos coloniais e desde 1504, do selo destinado a selar as provisões das Índias. Serviam na época, como secretários, Juan de Coloma (secretário da rainha Isabel) Miguel Pérez de Almazana, Gaspar de Bricio e Lope de Conchillos, depois que Bricio morreu. Mas o poder desses funcionários era meramente administrativo, pois todo o resto ficava a cargo do Conselho de Castela.

Mas logo a conquista se transformou num negócio e foi preciso estabelecer uma estrutura mais consistente. A responsabilidade foi entregue ao bispo Fonseca e a quatro conselheiros de Castela e assim ficou até 1520, quando Carlos V subiu ao trono e substituiu esse sistema colegial pela junta ou Conselho das Índias.

Com isso, a administração colonial passa a ser compartilhada pelo todo-poderoso bispo de Burgos e outros personagens como Zapata e Mártir de Anglería. A composição que se manteve por quatro anos tinha o bispo, quatro ministros de Castela, um relator e um porteiro.

Cada frota ou galeão que ia ou voltava das Índias carregava entre 30 e 40 caixas com pedidos, autos, processos e papéis, com permissões de comércio, avisos de um e outro reino, das ilhas ou das costas. Um documento da época detalha a burocracia:

Todos vêm sempre parar diretamente na Sala de Governo do Conselho, onde presentes o senhor presidente, todos os senhores ministros e o principal oficial do Correio de Espanha, se abrem os referidos caixotes: traz, cada um, um índice com toda a relação dos pedidos, autos, processos, residências, consultas, testemunhos e informes enviados tanto por vice-reis, audiências, igrejas, prelados, comunidades, cidades, governadores, corregedores, prefeitos, ministros e oficiais reais da Fazenda, (além de) queixas ou pretensões de vassalos particulares.

Os documentos mais relevantes eram encaminhados diretamente para o imperador. Na mesma hora, eram examinados títulos ou rótulos de cada documento, para separar aqueles que tinham a ver diretamente com o rei. Os índices eram copiados e as cópias, guardadas no arquivo do Conselho. O secretário cuidava de distribuir os pedidos e documentos entre os oficiais responsáveis pelo exame da documentação. Que por sua vez, anotavam quem enviara, a data e faziam um breve resumo das matérias neles constantes. Quando havia interesse da Real Fazenda ou de vindicata publica, ou direito fiscal, encaminhavam para a área correspondente e quando concluiam que se trata de matéria nova, levavam os papéis do modo que chegaram ao conselhos, mas caso houvesse jurisprudência, os encaminhavam ao fiscal com o aviso de que havia antecedentes.

O papel do fiscal era decisivo. A ele cabia emitir expedientes, informes ou consultas e para isso, a secretaria deveria agregar antecedentes, papéis, consultas, resoluções, juntando papéis com 40 anos ou mais e até mesmo de outro reino, desde que tivessem conexão com o atual.

Diariamente, os dois agentes fiscais iam até a secretaria apanhar papéis e expedientes destinados aos fiscais. Os agentes fiscais tinham de ser advogados aprovados e experimentados em manusear os papéis dentro da legalidade e em sigilo, já que como matérias de governo, os documentos eram secretos.

Levados à casa do fiscal, este deve produzir um extrato do que os documentos continham, levando em conta diversos aspectos. Como diz um documento da época:

É necessário entender que nesta sala de governo, é raro o negócio ou expediente que mesmo chamado de governo, não contenha muita jurisprudência civil, canônica, municipal, de leis do reino, das Índias, ordenanças, resoluções, bulas, breves especiais das Índias, sinodais, dúbios consultados com Sua Majestade ou com a Santa Sé, de forma que para despachar o Conselho manteve sempre homens os mais doutos e experimentados em todos os tempos.

Ao contrário do que ocorria em outros tribunais, onde os documentos formavam volumes costurados, os documentos produzidos pelos fiscais eram apenas envoltos por uma cinta e misturavam observações de próprio punho, citações de outros documentos, etc. Isso permitia sacar uma resolução de um processo e anexá-la a outro.

A partir da opinião do fiscal, o conselho pode votar, pedir mais esclarecimentos, adiar a decisão, que sempre era tomada a portas fechadas, sem que as partes sejam ouvidas ou estejam presentes.

Ouvida a resposta e o ditame do fiscal, vota o Conselho ou se dá por visto o expediente e se convém, (pede) mais vista de papéis ou a matéria pede estudo e mais instrução, se suspende pelo tempo necessário em que é de advertir que absolutamente tudo quanto se vê e despacha na sala de governo deste Conselho é a porta fechada, e quem dá conta é o senhor secretário a quem toca e para isso tem presentes todos os papéis novos e os antecedentes, porque no Conselho das Índias todos os negócios de governo são e devem ser secretos sem mais intervenção que a do Conselho, do senhor secretário e do fiscal, porque nunca de matérias de governo se dá traslado, nem se ouvem as partes como em outros tribunais, nem estão presentes as partes, seus advogados, procuradores, nem agentes, pois se assim não fosse, se pertubaria o universal despacho e governo das Índias.

Quando o assunto é de governo, os informes secretos, autos informativos e outras matérias não podiam ser examinados nem pelas partes. Mas se não havia inconveniente, os papéis que não tinham problema passavam à Sala de Justiça. O segredo era justificado:

Se em uma audiência se queixa contra um vice-rei, se um arcebispo ou bispo informa contra os ministros, se alguns vassalos dão conta e queixa dos agravios e dos maus procedimentos dos ministros da real Fazenda e assim tudo o mais, e isso corresse publicamente e por muitas mãos, que prejuízos e crueldades, que tiranias e que danos não resultariam nas Índias se por lá soubessem a mão por onde subministravam( ?) as notícias que inquietudes não haveria naquelas províncias e por isso é importante que primeiro se executem as ordens, cédulas, despachos e providências nas Índias, que as partes seus agentes ou dependentes cheguem a entender na Espanha, por que por quantos meios podem, sempre estão tentando descobrir.

Todo o dia o Conselho se reunia na sala de governo. O primeiro assunto eram os decretos reais, que se mandavam cumprir, mas também as cartas de contínua correspondência dos portos de Andaluzia e Castela, registros dos navios e suas cargas, passageiros, declarações dos capitães, comandantes e mestres, de onde vinham, o que traziam, a quem pertenciam, o estado das paragens, a viagem que fizeram, o estado e a segurança dos mares. Sobre as mercadorias declaradas, o Conselho aponta os direitos que deviam ser pagos. O Conselho também examinava as cartas, informes e consultas dos tribunais da Casa da Contratação.

Depois disso, eram despachados os expedientes do dia, que o secretário trazia na bolsa. Alguns já examinados e respondidos pelo fiscal, outros em relação aos quais havia documentos novos caixotes, num trabalho que podia durar um, dois e até três dias.  

Quando havia causas criminais, como as que envolveram Cabeza de Vaca e seus adversários, o presidente mandava os ministros togados – geralmente quatro - passarem à sala de justiça, junto com o fiscal, no caso de pleitos que envolviam a Fazenda real ou causa pública. Em caso entre particulares, o fiscal não intervinha. Todos os sábados, os três relatores entregavam ao presidente uma memória de todos os pleitos, causas, residências, etc, que seriam depois encaminhados aos ministros togados, quando era o momento de ir à sala de justiça.

Os pleitos judiciais não eram muitos e a sala de justiça podia ficar semanas fechada. Havia juízes togados e de capa e espada, ou seja, indicados por seu saber jurídico ou pela autoridade militar.  

Pleitos de mercadores e gente do mar ficavam restritos à Casa da Contratação ou ao Consulado de Sevilha, para onde o presidente do Conselho das Índias nomeava, todos os anos, um juiz de alçada ou de apelações. Muito raramente, comerciantes e armadores apelavam da decisão ao Conselho das Índias. Nesses casos, mandava-se trazer os autos do processo propriamente, sem traslados. Em situações de injustiça flagrante podiam pedir novas providências. Caso contrário, devolviam o processo determinando a aplicação da sentença estabelecida pelo Consulado.

Serviço era o que não faltava. O Conselho tinha de acompanhar o movimento das armadas, deliberar sobre impostos, índios, precisava registrar descobrimentos, conquistas e pacificações, fábrica de moeda, naufrágios e perdas de navios, dotações para praças de armas, trabalho nas minas, tudo o que se relacionava com os índios – censo, tratamento, reduções, tributos, encomiendas, etc.