Para garantir que um quinto das riquezas das terras do Mar Oceano chegasse aos cofres reais, como mandava a lei, foi criada toda uma estrutura burocrática, a começar pela Casa da Contratação, que aos poucos, agregou muita atividade de controle a suas funções de ensino e pesquisa. 

A Casa da Contratação, oficialmente denominada Casa y Audiencia de Índias, foi criado em 14 de janeiro de 1503, inspirada na Casa da Índia de Lisboa. Originalmente, era uma agência da coroa castelhana para realizar, por conta própria e em regime de monopólio, o comércio com as terras recém-descobertas. Mas a ampliação da conquista e a falta de recursos fizeram com que seus fiscais passassem a inspecionar e controlar tudo que se relacionasse com o comércio com as Índias. Foi mantida, contudo, uma função de pesquisa e formação.[1] Antes de partir, o chefe da expedição precisava demonstrar com uma probanza, quanto tinha gasto com os preparativos – em muitos casos, a quantia era estabelecida no contrato real. Na volta, devia prestar contas dos descobrimentos realizados e dos êxitos obtidos.

A autonomia da Casa diminuiu em 1524, com o surgimento do Real y Supremo Consejo de Indias. Real porque fora feito pelo monarca; supremo, pois não tinha instância mais elevada e das Índias por aconselhar o rei nos assuntos do Novo Mundo hispânico, ou seja, tudo o que se relacionasse com as Índias ocidentais e orientais, ilhas e terras firmes do mar oceano, América e Filipinas.

Com o intuito de melhorar o controle do comercio colonial, a Casa da Contratação foi responsável pelo estabelecimento do regime de porto único. Apenas um porto na metrópole poderia realizar o comércio com as colônias. Desenvolveu ainda o sistema de frotas anuais (duas); desde 1526 havia a proibição de navegarem os barcos isoladamente.

Ao longo do século XVII, a Casa da Contratação foi afetada pelos defeitos da administração espanhola. No século XVIII a Casa ganhou uma nova estrutura administrativa e progressivamente, uma descentralização do comércio. Então, em 1790 a Casa foi totalmente desativada.