Para sorte do imperador, quando perdeu a batalha das especiarias, Carlos V já sabia claramente o potencial da América.

Em 1531, com um contigente menor que o de Cortés, Francisco Pizarro derrotou o imperador Atahualpa no Peru. Na Verdadera relación^[1] de la conquista del Perú y província del Cuzco, llamada la Nueva Castilla conquistada por el magnifico y afortunado caballero Francisco Pizarro, o secretário do conquistador, Francisco de Jerez^[2] deixou uma descrição ainda hoje impressionante das consequências dessa vitória espanhola:

Año de 1534 a nueve días de enero, llegó al río de Sevilla la nao nombrada Santa María del Campo, en la cual vino el capitán Hernando Pizarro, hermano de Francisco Pizarro, gobernador y capitán general de la Nueva Castilla. En esta nao vinieron para Su Majestad ciento cincuenta y tres mil pesos de oro y cinco mil y cuarenta y ocho marcos de plata. Mas trujo para pasajeros y personas particulares trescientos y diez mil pesos de oro y trece mil y quinientos marcos de plata, sin lo de Su Majestad... Allende de la sobredicha cuantidad, trujo esta nao para Su Majestad treinta y ocho vasijas de oro y cuarenta y ocho de plata, entre las cuales había un aguila de plata que cabían en su cuerpo dos cantaros de agua, y dos ollas grandes, una de oro y otra de plata, que en cada una cabrá una vaca despedazada... Este tesoro fué descargado en el muelle y llevado a la casa de la contratación, las vasijas a cargas, y lo restante en veinte y siete cajas, que un par de bueyes llevaban dos cajas en una carreta.[3]

Na versão impressa, o documento recebeu um curioso poema à guisa de posfácio, cujos versos demonstram o sentimento de quem conseguira algumas migalhas do gigantesco butim:  

Entre los muchos que han ido

(hablo de los que han tornado)

Ser éste el más señalado, 

Porque he visto que ha venido,

Sin tener cargo, cargado;

Y metió en esta colmena,

De la flor blanca muy buena,

Ciento y diez arrobas buenas,

En nueve cajas bien llenas.

Ha veinte años que está allá,

Los diez y nueve en pobreza,

Y en uno cuanta riqueza

Ha ganado y trae acá.

Ganó con gran fortaleza;

Peleando y trabajando,

No durmiendo, más velando,

Con mal comer y beber:

Ver si merece tener

Lo que ansi ganó burlando.

A coroa acabou confiscando a prata e o ouro que chegavam das Índias, pagando a seus donos, pelo resto da vida, juros de 3,3%. Ótimo negócio para Carlos V, de quem Jakob Fugger cobrava 6,25%. Os juros cobrados pelos Welser eram ainda maiores: 9%. Essa família austríaca já ocupava importantes posições em Augsburg no século XIII e enriqueceu ainda mais negociando com o Oriente a partir dos principais centros comerciais da Europa. Alemanha, Itália, Londres e Lisboa.

O que Pizarro entregou a Carlos V em uma década seria suficiente para pagar os Frugger, os Welser e outros credores. O valor total correspondia ao déficit crônico da Espanha: 795.002 ducados e quatro reales, algo como 298 milhões de maravedis. Segundo o historiador Earl J. Hamilton, de 1503 a 1660 chegaram a Sevilha 181 toneladas de ouro e 17 mil toneladas de prata, equivalentes a mais de 448 milhões de pesos (201 bilhões de maravedis). Desse total, 118 milhões pertenciam à Real Hacienda e 330 milhões a particulares.

Mas a coroa logo percebeu que havia algo errado nas contas apresentadas por Pizarro e seus oficiais. Em 1536, o bispo do Panamá, frei Tomás de Berlanga fez uma primeira inspeção para verificar a atuação dos representantes da Real Hacienda nos Andes. Pizarro, que enfrentava uma grande rebelião indígena, negou-se a colaborar e refutou as acusações formuladas pelo bispo.

No ano seguinte, Juan de Villalobos acionou Pizarro, Diego Almagro e outros oficiais ”por los muchos fraudes cometidos a la Hacienda.”  O foco da denúncia era o botim obtido na tomada de Cuzco em 1533, quando os acusados teriam “robado más de tres millones de oro” (sic). O montante que cabia ao imperador acabou distribuído entre os conquistadores.

Vicente Valverde, outro bispo encarregado de conferir as contas no Peru, chegou às mesmas conclusões de seu colega panamenho e foi além: constatou que Alonso de Riquelme, o tesoureiro real se apropriara de uns grandes vasos de prata destinado ao imperador e guardava a prata e o ouro em sua casa, pois não havia uma caixa apropriada, cujas chaves tinham de ficar com determinados funcionários. Pelas contas de Valverde, o tesoureiro devia 32.721 pesos correspondentes ao ouro e prata de que se apoderara.

As denúncias não surtiram qualquer efeito. Pizarro tinha a simpatia da cúpula do Consejo - do presidente, Garcia de Loyasa ao secretário do imperador, Francisco de los Cobos, passando por Juan de Samano. Ele também azeitava suas relações com membros da alta nobreza espanhola enviando-lhes presentes generosos em ouro e prata. Sua ascendência sobre a cúpula espanhola no Novo Mundo era tamanha que quando o bispo tentou enviar seu relatório para a Espanha, não encontrou um navio para transportar os documentos.  

Depois da primeira guerra civil peruana em que Pizarro prendeu e executou seu ex-parceiro Diego Almagro, Carlos V nomeou Cristóbal Vaca de Castro, obscuro funcionário da chancelaria de Valladolid como novo juiz-pesquisador.

Antes de partir, o novo encarregado recebeu um conselho por escrito do próprio presidente do Consejo: ele deveria fazer toda a investigação com a ajuda de Pizarro,”un bendito ombre.”

Nas entrelinhas, Garcia de Loyasa deu a entender que Vaca de Castro poderia e deveria enriquecer com a empreitada. 

O assassinato de Pizarro pelos almagristas levou Vaca de Castro a suceder o objeto de sua investigação e à eleição de Diego Almagro, conhecido como El Mozo, por seus partidários, deflagrando a segunda guerra civil peruana. Os dois lados sacaram contra a Hacienda Real para financiar a luta.

Quando o conflito terminou, Vaca de Castro esqueceu as ordens que havia recebido: passou a controlar as rendas das regiões que estavam sem comando, saqueou sepulturas indígenas e fez todo tipo de negócio para amealhar uma fortuna.

Carlos V nomeou um novo vice-rei, que prendeu Vaca de Castro. Juan de Villalobos detalhou os crimes cometidos pelo ex-juiz numa detalhada acusação. Mas o Consejo foi benevolente e rejeitou a maior parte das denúncias. 

O imperador já recebera queixas de vários representantes de cidades sobre a deficiência da justiça em Castela. Além disso, havia a influência do frei Bartolomé de las Casas. Nascido em 1474, morreu em 1566.

Carlos V, que levava a sério as idéias do frei, acompanhou de perto o processo contra os irmãos Pizarro, em que ficou evidente a complacência de vários membros do Consejo para com os abusos e as fraudes praticadas pelos conquistadores.

Em junho de 1542 Carlos V determinou que o Consejo fosse submetido a uma visita, misto de inspeção detalhada e intervenção que durou até fevereiro do ano seguinte. Os inspetores constaram que os conselheiros e o presidente tinham tentado inocentar Pizarro, por terem recebido favores e riquezas dele. Ao final, perderam seus postos o presidente Garcia de Loaysa, o dr. Beltrán, membro mais antigo do organismo e o licenciado Juan Suárez de Carvajal, bispo de Lugo, que havia nomeado dois irmãos para cargos na Real Hacienda do Peru na administração dos irmãos Pizarro. Todos receberam multas pesadas, que levaram alguns deles à falência.

Para moralizar o funcionamento da instituição, o imperador estabeleceu novas regras. As reuniões seriam diárias, com três horas pela manhã e à tarde; os pleitos envolvendo menos de 500 pesos seriam resolvidos com dois votos e os acima disso, com três; passava a ser proibido a criados, familiares e pessoas próximas de membros do Consejo, agirem como procuradores ou solicitadores nos processos, sob pena de 10 anos de desterro; nenhum conselheiro poderia aceitar presentes de nenhuma parte, nem dar, sob nenhum pretexto, recomendações para as Índias.

Havia ainda orientações gerais sobre a missão dos conselheiros: zelar com maior cuidado pelo bom tratamento de índios e deliberar com a maior freqüência possível sobre as medidas que forem convenientes para o aumento da Fazenda Real.

A visita alcançou Villalobos também, mas de outra maneira. No afã de punir os  irmãos Pizarro pelo assassinato de Almagro, ele acabou acusado de parcial e foi publicamente censurado. Não é improvável que a punição tenha sido uma formalidade apenas, já que ela não prejudicou sua carreira, nem impediu que tivesse aumentos de salário: em 1545, ele passou de 100 para 160 mil maravedis anuais e um ano depois, chegou a 200 mil, que receberia até o fim da vida.