Sebastião Caboto nasceu em Veneza em 1474. Sua família era de mercadores bem sucedidos com o comércio de pimenta e seu pai, o famoso explorador John Cabot.

Em 1490, Sebastião mudou-se com a família para Bristol na Inglaterra, uma das mais importantes cidades e portos da Europa de então. O rapaz envolveu-se com os negócios da família e aprendeu muito sobre cartografia, navegação, astronomia e matemática.

Em 1497, John Cabot deixou Bristol no comando de cinco navios em busca de uma passagem a nordeste que o levasse às Índias e à China. Com ele seguia Sebastião. Retornaram sãos e salvos à Inglaterra e John foi recompensado pelo rei. John Cabot fez uma segunda viagem, mas morreu pouco após seu retorno.

Em 1508, Sebastião teria liderado uma nova expedição inglesa em busca de uma passagem nordeste rumo ao Pacífico (não está comprovado que tal viagem tenha mesmo ocorrido). Quatro anos mais tarde, ele integrou a armada inglesa do rei Henrique II como cartógrafo, com ordens de desenvolver uma precisa representação dos oceanos e terras. Pouco depois, mudou para a Espanha, a convite dos reis católicos, sendo nomeado comandante de um navio.  

Em 1520, Carlos V nomeou-o o navegador veneziano como piloto maior e oficial examinador de outros pilotos. No mesmo ano, Caboto esteve na Inglaterra, com que a Espanha mantinha relações cordiais, já que a rainha da Inglaterra, Catarina de Aragão era sobrinha de Carlos V. Em 1525, casou pela segunda vez (da primeira união tinha uma filha) com Catalina de Medrano, a quem homenagearia batizando a ilha do litoral brasileiro onde hoje fica Florianópolis. No mesmo ano, foi designado capitão geral e liderou a expedição de três barcos rumo ao Novo Mundo e em busca de uma rota marítima para a China e Índia. Oficialmente sua missão era a de descobrir as ilhas Molucas, Tarsis, Ophir, Cipango (Japão e Cathay (China). Uma mistura de localidades reais e imaginárias, que já mobilizara Cristovão Colombo.

Em junho de 1525, o navegador alcançou a costa brasileira. Após uma permanência na ilha que batizaria como Santa Catarina, ele partiu rumo ao rio da Prata, onde ouviu falar sobre as riquezas existentes no interior do continente. Por três anos, ele explorou as áreas próximas ao rio da Prata, Paraná e Paraguai.

Em agosto de 1530, retornou à Sevilha, sem ter obtido sucesso. Foi condenado a dois anos de banimento em Oran, na África, mas acabou perdoado e reassumiu o posto de piloto maior da Espanha.

Em 1544, continuava em Sevilha trabalhando num novo mapa mundi. Numa legenda do desenho, deixou registrada a visão que tinha das terras onde passara três anos: 

La gente en llegando (a) aquella tierra quiso conocer si era fertil y aparejada para labrar y llevar pan y sembraron en el mes de Septiembre 52 granos de trigo, que no se halló más en las naos, y cogieron luego en el mes de Diciembre cincuenta y dos mil granos de trigo, que esa misma fertilidad se halló en todas las otras semillas.

Em 1547, mudou para a Inglaterra, onde foi indicado para o posto de piloto maior. Quatro anos depois fundou uma companhia de navegação. Em maio de 1533, assumiu o comando de uma expedição destinada a encontrar uma passagem para o Leste no rumo nordeste. Dois dos três barcos foram aprisionados pelo gelo e seus tripulantes morreram congelados. Caboto navegou até o Mar Branco, a nordeste da Rússia, esteve em Moscou e ali firmou um acordo de comércio. Voltou à Rússia outras duas vezes nos anos seguintes. Morreu em data incerta, provavelmente em 1557.